心里不相信有鬼，为什么在现实中却怕鬼？

怕鬼？害怕的应该不是鬼，是孤独，或者是未知。人类在面对未知的事物时，总会有一种天然的恐惧感，用荣格的话就是“一种集体无意志”，用我的话就是孤独与被抛弃感。
你在面对暗处或者偏僻处时，如果这个地方是你曾经熟悉的，自己孤身一人身处其中也会感到害怕时，那么害怕的很可能就是孤独与被抛弃感，当然现实中你并未被抛弃，而那种害怕被抛弃或孤独的感觉会遗留下来。如果是陌生地方，那么可能就存在对未知的恐惧感，而对未知的恐惧感人人都会有。
个人猜想，你的这种感觉应该还是跟你生活中看到的、体会到的有关。现实中有很多东西是无法被当下的意识接纳或者察觉到的，那么这些无法察觉而又必须存在的东西就会伪装，伪装成另一个面孔，这种伪装并不仅仅指潜意识，很多防御机制也都会伪装，而且这些伪装的防御机制才能被当下的意识察觉。通俗一点来讲就是你可能并不认同你父亲的遭遇，但并不妨碍你自己用一套自己的逻辑推演出一套符合自己价值观的解释，而这套解释是建立在你父亲遭遇的基础上的，也就是你看到了父亲因为种种问题而被家人远离带来的后果，这个后果是建立自己价值观解释的基础。在面对可能会经历跟父亲相同经历的情境时，信息的刺激会激活原有的感觉，也就是让你体会到你看到的父亲的结果。
这里需要注意的是，尽管自己并没有父亲的经历，但并不妨碍你根据父亲的结果推演出一套“父亲的经历”，真正让你产生恐惧的是你自己推演出来的“父亲的经历”与可能的结果。

解决的办法，可以采用接纳事实的办法更换掉原有的推演，这个可能就要重新构建你的童年经历了。否认并不代表接纳，接纳是不排斥他，接受他可能作为解释的一部分，在不违背自己价值观的基础上跟自己“共生”。某种意义上来说，否定实际上是在逃避。
以上只是我的个人猜测，权当参考。